Чланови синдиката запослени у органима управе Републике Српске заштиту и унапређење својих права све до 1997. године остваривали су преко Основних организација и Савеза синдиката Републике Српске и органа наведених организација. Због одређених специфичности у заступању интереса и права запoслени у органима управе, указала се потреба за другачији начин организовања синдиката.
Већ почетком године, тачније 12. марта 1997. године у Бањој Луци одржана је Оснивачка скупштина Синдиката управе Републике Српске, на којој је за предсједника изабран професор Јован Вукоје.
На Првој скупштини одржаној 04. маја 2001. године у Бањој Луци као и на Другој скупштини одржаној 26. маја 2005. године у Приједору, повјерење да води Синдикат управе добио је првоизабрани предсједник, професор Јован Вукоје.
На Трећој скупштини Синдиката управе одржаној 28. маја 2009. године на Мраковици за предсједника је изабран Томислав Врховац.
На Скупштини одржаној 28.маја 2013. у Теслићу, за предсједника је поново изабран Томислав Врховац.
На Шестој изборној скупштини, одржаној 24.5.2017. у Теслићу, за Предсједника Синдиката управе РС изабран је Божо Марић.
Први Посебни колективни уговор за запослене у органима управе Републике Српске потписан је почетком 1998. године, а послије тога потписани су нови Колективни уговори, од којих, у складу са актуелним Законом о раду, Посебан Колективни уговор за јавне службе 2016, када и за органе државне управе. Последњи посебни Колективни уговор потписан је за запослене у јединицама локалне самоуправе, 2017. године. Од самог оснивања Синдикат управе у складу са законима и колективним уговорима води све облике синдикалне борбе у циљу остваривања права запослених у органима управе Републике Српске.
Данас Синдикат управе Републике Српске, у свом саставу има 103 Синдикалних организације и преко 9500 чланова, запослених у свим органима управе на републичком и локалном нивоу у Републици Српској.
Овај синдикат је од Одбора за утврђивање репрезентативности синдиката и удружења послодаваца, министарства рада и борачко-инвалидске заштите Републике Српске, 05. јула 2010. године добио Рјешење о репрезентативноси у грани управе Републике Српске.
Синдикат има изузетну сарадњу са међународним сродним синдикатима, како из земаља бивше Југославије, тако и са синдикатима из ЈИЕ. Члан је Међународних јавних служби и Европских јавних служби (PSI и EPSU) од 2009. а у циљу јачања синдикалног покрета у цјелини.